1991年，卓悅控股首間店鋪開業於佐敦，其後搬遷到花園街；1996年率先引入日本化妝品及護膚品，引起搶購熱潮；1997年於弼街開設第2間店舖。2000年，公司於銅鑼灣金百利開設分舖，將業務擴展至美容纖體業務，並在2002年於快富街開設分店；2003年在沙士肆虐的低迷期間上市（上市編號：0653），股份仍獲17倍超額認購，嘗試利用低租金環境，增加擴展速度，由每年開2至3間分店增至半年開5間。
2004年，卓悅控股於土瓜灣設立基地「卓悅集團中心」，2005年設立網頁 www.bonjourhk.com 提供網上購物服務；2008年曾在四川汶川大地震後，為災民舉行慈善義賣，義賣貨品短短3小時已全線售罄。是次賑災活動，集團合共捐了100萬予香港紅十字會；2009年成立卓悅愛心團，發展社會公益事業。2010年，集團冠名贊助大型慈善籌款節目「慈善星輝仁濟夜」，亦贊助現場節目環節「盛意拳拳為仁濟」，共捐出港幣$1,318,000予仁濟醫院，隨後獲得2009/2010年度「商界展關懷」計劃嘉許狀，以公開嘉許集團實踐企業社會責任及對關懷社會的貢獻；更入選《福布斯》雜誌「亞洲區最佳中小上市企業」選舉，與領先的在線旅行服務公司攜程旅行網聯手推出折扣優惠卡「攜程卓悅貴賓卡」，以及在廣州天河區開設首間內地門市，進入內地市場。
2013年，卓悅控股獲得 Mediazone Group 頒發「2013年香港最有價值企業服務獎」，並舉辦為期兩周的「卓悅感謝日」，全港40間卓悅門市首天推出優惠 — 主銷產品 Dr. Bauer 神級射頻童顏機，吸引過百人於卓悅廣東道新店門外通宵待購。2014年，集團門市開始接受「支付寶錢包」的「當面付」條碼付款，讓中國內地遊客在港消費變得更爲方便快捷；購入位於荃灣大河道店舖，為集團首間購入自用之店舖，亦以港幣4.9億購入位於荃灣物業為新寫字樓，總面積223,804平方呎，為集團達致更佳的中央管理及物流。同年7月在全線港澳分店展開了為期兩星期的「卓悅感謝日」，繼而發起「你行善我捐款」活動以響應關注肌萎縮性脊髓側索硬化症的「冰桶挑戰」籌款活動，以及獲《香港股票分析師協會》頒發之「香港上市公司大獎」，以表揚集團的傑出表現。
2015年，卓悅控股代表於《DSA傑出推銷員獎頒獎典禮》獲頒「傑出推銷員獎」，又於5月和11月分別參加由優質旅遊服務協會舉辨之「開心·著數大行動」，透過推出換取優惠券活動令大眾滿載而歸，將寫字樓總部由土瓜灣喬遷往荃灣，更大的樓宇面積及耐套設備，讓集團的中央管理及物流管理更趨優化。同年在支付寶「雙12」活動中獲評為「最受歡迎商戶」，與韓國樂天集團及泰國王權免稅店一同躋身最高交易額商戶三甲，也獲《香港品牌發展局》頒發之「香港服務名牌十年成就獎」。2016年，集團跟支付寶合作，於尖沙咀廣東道分店展開快閃搶購，該店單日突破百萬銷售額。而為迎合智能服務之大趨勢，推出「卓悅VIP積分卡」電子會員計劃，取代傳統實體卡，給顧客帶來全新消費體驗。同年5月在荃灣的新總部啟用，隨後獲《香港化粧品同業協會》的「榮譽大獎」，以表揚集團在推動僱員學習及培訓皆有卓越的貢獻。
2017年，卓悅控股獲得「亞洲零售博覽2017年度零售卓越大獎」，以表揚集團對香港零售業的貢獻；更於「天貓雙11全球狂歡節」刷新紀錄，首一小時交易額已打破去年全天交易額紀錄；成為螞蟻金服推出的支付寶HK的首批合作商戶，順應消費者的消費模式，優化消費體驗和提升營運效率。2018年獲香港商業專業評審中心及環境局頒發「2018商評卓越商業大獎」、金獎，表揚貢獻香港零售業多年，推動環保節能如參與「戶外燈光約章」。2019年，受社會運動及2019冠状病毒病疫情等影響，集團虧損1.29億元，2018年則虧損3,961.3萬元[9]。2020年2月，身兼內蒙政協委員的卓悅副主席陳健文以1.58億港元收購卓悅44.4%股權，總持股量達59.9%，成為最大股東[10]，並獲委任為公司主席[11]。